Τα αντιβιοτικά δεν σκοτώνουν μόνο τον παθογόνο παράγοντα για τον οποίο τα λαμβάνουμε. Σκοτώνουν ολόκληρες κλάσεις μικροοργανισμών, ωφέλιμων και βλαβερών, τόσο στο σημείο της λοίμωξης όσο και σε ολόκληρο τον οργανισμό. Μπορεί να παίρνουμε αντιβιοτικά για μια λοίμωξη του αναπνευστικού, αλλά τα αντιβιοτικά θα σκοτώσουν τον παράγοντα που προκαλεί τη λοίμωξη μαζί με ένα πλήθος άλλων φιλικών βακτηρίων απαραίτητων για την υγεία του οργανισμού μας ως μέρος του ανθρωπίνου μικροβιώματος. Η διαταραχή του οδηγεί σε εξασθένιση της άμυνας του οργανισμού και επομένως σε αύξηση των λοιμώξεων και ιώσεων που παρατηρούμε στις μέρες μας.
